Υπάρχει ένα κενό στην ιστορία της γνώσης. Από τους Ερμητιστές και τους Ιππότες Ναΐτες, από τους Ροδόσταυρους και τους Ελεύθερους Τέκτονες, ώς τη Βασιλική Εταιρεία του Νεύτωνα και τη σύγχρονη επιστήμη, η μεταφυσική γνώση μεταβιβαζόταν σε κλειστούς κύκλους. Ο Πάνος Σακέλης υποστηρίζει ότι αυτή η εποχή της μύησης έχει τελειώσει — η σκυτάλη πρέπει να περάσει στον καθένα.
Η Μεταφυσική της Ύπαρξης είναι η πρώτη συστηματική έκθεση του φιλοσοφικού συστήματος Σύγχρονη Μεταφυσική, γραμμένη ως πραγματεία — με επιχείρημα, ανάλυση και δομή — χωρίς εσωτερικά παρεκάλεσα και χωρίς δογματικές αγκύλες.
Η πραγματεία αναπτύσσεται σε έντεκα κεφάλαια. Ξεκινά με την Αρχιτεκτονική της Δημιουργίας: τρεις ταυτόχρονες πτυχές — Θεογονία, Κοσμογονία, Κοσμολογία — που δεν είναι διαδοχικά γεγονότα αλλά όψεις μίας και της αυτής πράξης. Ακολουθεί ο Άνθρωπος ως Μορφή και ως Σκοπός: η «Ιδέα Άνθρωπος» υπάρχει ως αρχέτυπο πριν από κάθε βιολογία, και η σάρκωσή της δεν είναι τυχαία αλλά αναγκαία — γιατί το Απόλυτο χρειάζεται έναν καθρέφτη για να γνωρίσει τον εαυτό του.
Από εκεί, η ανάλυση κατεβαίνει στον Βιολογικό Εξοπλισμό, στη Μνήμη και το Άδηλο, στη Γνωσιολογική Σπείρα που περιγράφει πώς η γνώση αυξάνεται ελικοειδώς, όχι γραμμικά. Στη συνέχεια ανοίγει στη σχέση Ανθρώπου–Κόσμου και Ανθρώπου–Άλλου, εξετάζει τις Δοκιμασίες του Δοχείου — τα εμπόδια που καλείται να αντιμετωπίσει η ενσαρκωμένη συνείδηση — και φτάνει στην Πράξη ως φυσική κατάληξη της θεωρίας, στον Πειρασμό της Δύναμης ως ανθρώπινο αδύνατο σημείο, και στην Πνευματική Πλοήγηση ως δρόμο επιστροφής.
Η επιστήμη δεν απουσιάζει: η εξέλιξη αναγνωρίζεται ως μηχανισμός, αλλά ο Σακέλης δείχνει γιατί δεν μπορεί να είναι και σκοπός. Η βιολογική πολυπλοκότητα εξηγεί πώς φτάσαμε εδώ — δεν εξηγεί τι κάνουμε τώρα που φτάσαμε.